O estômago tem sobretudo uma funçao mecânica.Faz o armazenamento dos olimentos e, através de movimentos de vaivém , mistura-os e transformar-se em pequenas partículas que irão facilitar a digestão. A digestão é a transformação dos alimentos, de maneira a poderem ser absorvidos.
A face interior da parede do estômago é coberta por uma mucosa que contêm células especializadas na secreção de várias substâncias: nos dois terços superiores do estômago essas células da mucosa segregam umas, ácido clorídrico e factor intrínseco ( células parietais ) e outras pepsinogénio ( células principais ). O pepsinogénio dá origem a um enzima, a pepsina, com funções na digestão. No terço inferior do estômago, que corresponde ao antro, as células da mucosa segregam gastrina ( células G ). A gastrina é uma hormona que estimula as células parietais do corpo do estômago a produzir ácido clorídrico. O ácido clorídrico baixa o pH do estômago para valores que são necessários para activar as enzimas da digestão e servir de barreira às bactérias. O Helicobacter pylori, uma bactéria patogénica que vive no estômago, arranjou mecanismos, para se defender do ácido.
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